Construit en 1878 pour les Sœurs de Saint-Vincent-de-Paul, l’hôpital Saint-Joseph était destiné à la formation des étudiants en médecine de la future faculté libre, qui de fait ne vit jamais le jour. Le chantier s’ouvrit en 1881 et l’hôpital fut inauguré le 5 février 1885.
La chapelle néo-romane construite entre 1899 et 1902 par J.-P. Lequeux fut ornée dans le transept de vitraux réalisés par H. Carot en 1903, consacrés à la vie de saint Vincent de Paul et des Filles de la Charité d’une part, aux dévotions à saint Joseph et au Sacré-Cœur d’autre part. L’épisode historique du Martyre des seize Carmélites de Compiègne, internées à la Conciergerie puis guillotinées le 29 messidor an II (17 juillet 1794), figure sur l’une des verrières hautes à médaillons légendaires. L’artiste s’est inspiré du cycle de tableaux peints en 1729 notamment par le Frère André, à la demande du supérieur des Lazaristes, dont six d’entre eux sont conservés dans l’église Sainte-Marguerite.
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