Né en 1857 à Caracas, d'une mère d'origine française et d'un père d'origine italienne, Emilio Boggio rejoint la France à l'âge de cinq ans, à Enghien-les-Bains où ses parents s'installent afin de développer des affaires commerciales.

En 1878, lors de l'Exposition Universelle de Paris, visitant la salle de la peinture française du XIXème siècle, il décide de devenir peintre. Il s'inscrit alors à l'Académie Julian, suivant les cours des peintres Jean-Paul Laurens et William Bouguereau. de 1880 à 1885, aux côtés de ses compatriotes Cristobal Rojas et Arturo Michelena. Il y rencontre Henri Martin, qui devient un ami proche et aura une grande influence sur son œuvre. Il effectue avec ce dernier un voyage en Italie (1885-1888). Il réalise un premier envoi de peintures au Salon des Artistes Français en 1887. où il expose jusqu'en 1920. Son œuvre La Lecture y obtient, en 1888, la mention honorable. En 1889, il obtient la médaille de bronze à l'Exposition Universelle de Paris.Il rencontre, vers 1897. Augustina Dehay, modèle, qu'il épouse en 1901.

Vers 1899. il s'installe à Vaux-sur-Seine dans une maison-atelier, nommée le Gibet, qu'il fait construire en surplomb de la vallée de la Seine, d'où il peindra les premières œuvres de la série des Grande Rue (1901-1911).

En 1900, il découvre les œuvres de Claude Monet à l'Exposition du Centenaire de la Peinture française au musée du Petit-Palais. La même année, il obtient la médaille d'argent à l'Exposition Universelle de Paris pour son œuvre Labor, acquise par le musée américain de Philadelphie.

En 1902. il divorce d'Agustina Dehay qui conserve la maison de Vaux-sur-Seine, et travaille en Italie de 1907 à 1909.

En 1910 a lieu une rétrospective Boggio au Salon des Artistes Français. Il s'installe à Auvers-sur-Oise, dans la « Villa Rustique" rue Boucher. En 1912 a lieu sa première exposition personnelle à la galerie de Georges Petit, à Paris. En 1919. l'exposition personnelle de ses œuvres à l'Université Centrale du Venezuela, à Caracas, connaît un grand succès. Il décède en 1920. à Auvers-sur-Oise, à l'âge de 63 ans.