L’épidémie de choléra qui fit 30.000 morts à Paris en 1832, hâta la réalisation d’un projet de construction hospitalière, confié en 1839 à l’architecte M.-P. Gauthier, élève de Percier et Fontaine et auteur de l’hospice de Garches. Les travaux se poursuivirent entre 1845 et 1854 sur un terrain acheté aux Lazaristes dès 1815, mettant en pratique les idées novatrices du Dr Tenon qui en firent le premier hôpital hygiéniste de France ; il tient son nom de sa bienfaitrice, la Comtesse Elisa de La Riboisière qui légua sa fortune à l’Assistance Publique afin d’en terminer les travaux.

La chapelle, encastrée dans les bâtiments des services généraux, tient une place très affirmée et très symbolique dans l’axe de la cour centrale ; elle fut entretenue par les religieuses de Saint-Augustin jusqu’à 1887. M. de Nieuwerkerke, intendant des Beaux-Arts et de la Maison de l’Empereur, passa commande en 1856 des cartons de vitraux au peintre catholique Cl. Lavergne, ami des Nazaréens et co-fondateur de la Société Saint-Jean ; étant stipulé que le cartonnier devait en être aussi l’exécutant, l’artiste se lança à cette occasion dans la peinture sur verre au sein d’un nouvel atelier qu’il ouvrit au 46 rue Madame. L’exécution des Douze Apôtres dans un esprit néo-Renaissance se termina en 1857. La chapelle a conservé tout son décor d’origine, y compris les peintures murales de L. Matout (1858).