Le bourg de la Ferté-sous-Jouarre s'est formé au Moyen Age autour d'une forteresse aujourd'hui disparue, qui lui a donné son nom ("ferté"= place forte, en ancien français). Ce château, situé sur les bords de la Marne, est attesté depuis le XIe siècle. Il appartenait au XVIe siècle à la famille de Condé. La ville ayant rejoint le parti protestant lors des guerres de religion, elle fut assiégée en 1590 par la Ligue et subit d'importants dégâts. Les fortifications qui la protégeaient furent peu à peu démantelées au XVIIe et au XVIIIe siècle, jusqu'à la destruction de la porte de Chamigny en 1802. Les derniers vestiges du château ont pour leur part été démolis en 1868.

L'histoire de La Ferté-sous-Jouarre est intimement liée à celle de sa principale activité économique : l'extraction et la commercialisation de la pierre meulière, qui servait notamment à moudre le grain. Dès le XVe siècle, cette activité occupe une centaine de carriers qui écoulent leur production en Île-de-France mais aussi en Flandre, en Bretagne et en Angleterre. Aux XVIe et XVIIe siècles, l'aire de diffusion augmente encore et les ateliers de La Ferté connaissent un processus de concentration. Aux XVIIIe et au XIXe siècle, La Ferté-sous-Jouarre connaît une grande période de prospérité grâce à l'industrie meulière, sa pierre étant exportée et utilisée dans le monde entier. En 1853, les vingt-trois entreprises actives dans ce secteur à La Ferté occupaient 1500 à 2000 ouvriers pour une production annuelle de plus de 20 000 meules. Mais cette industrie s'éteint au milieu du XXe siècle du fait du remplacement de la pierre meulière par des broyeurs en acier dans les minoteries (à partir des années 1880), et de l'abandon de la meulière comme matériau de construction (très utilisé pour les pavillons de la banlieue parisienne jusqu'à la fin des années 1930, mais remplacé ensuite par le béton). En 1951, la principale entreprise d'extraction fertoise, la Société Générale Meulière (créée en 1881), a fermé ses portes.

La-Ferté-sous-Jouarre fut le théâtre d'âpres combats lors de la première bataille de la Marne en septembre 1914 : un mémorial franco-britannique, inauguré en 1928, rappelle les noms des 3 888 officiers et soldats disparus.