L’ordre des Frères hospitaliers de Saint-Jean-de-Dieu, créé en Espagne en 1602 par le portugais Jean Ciudad, est à l’origine de la fondation le 19 mars 1858, sous l’impulsion du cardinal Morlot, d’un établissement pour jeunes garçons infirmes au 223 rue Lecourbe, ancien relai de chasse de Louis XV situé sur le domaine que le duc de Choiseul-Praslin avait mis à la disposition de Mademoiselle Dangeville, actrice de la Comédie-Française.
A la suite d’un premier édifice, la chapelle actuelle fut construite en onze mois entre 1897 et 1898 par l’architecte A. Richardière, grâce aux subsides accordés par le consul A. Demy en souvenir de sa femme Clotilde de Chazelles, décédée peu de temps auparavant ; bénite le 18 janvier 1898 par Mgr F.-B. Richard de la Vergne sous le vocable de Sainte-Clotilde, elle conserve un vitrail circulaire réalisé en 1898 par L. Avenet d’après un carton du peintre Azambre, représentant la donatrice offrant la maquette de la chapelle ; des vitraux décoratifs à fleurs de lys et d’iris, largement influencés par l’Art nouveau, ornent les baies de la nef.
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