Dès l'Antiquité, des inhumations sont pratiquées dans la partie méridionale de la ville (site Grüber). Au Moyen Age, le seul cimetière en usage sur la rive gauche est celui de l'église Saint-Ambroise. Par ailleurs, sur l'île, l'église Saint-Etienne possède également son cimetière paroissial, d'extension plus limitée, et d'autres établissements religieux disposent d'une zone d'inhumation qui leur est réservée : la collégiale Notre-Dame, l'hôtel-Dieu Saint-Nicolas et le prieuré Saint-Sauveur. Aux 17e et 18e siècles, le cimetière Saint-Ambroise se réduit, avec l'installation à proximité des couvents des Visitandines et des Ursulines. En 1782, le cimetière paroissial Saint-Ambroise est déplacé hors les murs, sur un terrain à l'est de la porte de Bière. Son ouverture entraîne la démolition d'une partie du rempart. Un cimetière pour les non-catholiques, qui se distingue par un axe d'inhumation différent (nord-sud), est ouvert par délibération municipale en 1788 à proximité du nouveau cimetière Saint-Ambroise. La Révolution entraîne la suppression de la paroisse Saint-Etienne et donc du cimetière adjacent à l'église : le cimetière Saint-Ambroise devient le seul lieu d'inhumation ouvert pour les habitants du sud de Melun, et même pour l'ensemble de la ville entre 1797 (suppression du cimetière Saint-Aspais) et 1810 (date de son rétablissement). En 1854-1857, le cimetière Saint-Ambroise est déplacé vers l'est pour permettre l'extension de la caserne : il atteint ainsi son emplacement actuel, avec une augmentation en 1943. Contrairement au cimetière nord, plus sollicité, le cimetière sud a conservé la plupart de ses tombes du 19e et de la première moitié du 20e siècle. Plusieurs sont signées par le marbrier P. Ballet fils. Parmi les personnes enterrées dans ce cimetière, figurent notamment Albert Moreau, pionnier de l'aéronautique, Hippolyte Rossignol, vétérinaire ami de Pasteur, et deux médecins de la Coloniale, Auvert et Pouillot. Deux éléments plus anciens ont été rapportés sur le site au 19e siècle : la croix centrale (16e siècle) et une dalle funéraire de 1786 contre le mur ouest.