Dès sa réouverture comme église paroissiale, Saint-Nicolas reçut des orgues, en 1847. L'instrument actuellement en place dans la tribune présente un buffet néo-classique qui pourrait correspondre à cette datation. Néanmoins, selon le témoignage de l'abbé Hébert, dans les années 1880, l'église Saint-Nicolas possédait alors "de belles orgues, établies depuis quelques années par la maison Baldner de Paris", pour un coût d'environ 10 000 francs. Cette attribution est reprise par l'inventaire des Orgues de l'Île-de-France, qui précise en outre que l'instrument fut modifié par le facteur Jonet en 1967, à la suite de dégâts causés par la réfection de la voûte de l'église.